Urodził się 11 września 1892 r. w rodzinie rzemieślniczej w Warszawie. Tutaj pobierał nauki początkowe, ukończył szkołę średnią im. St. Konarskiego i podjął studia w Szkole H. Wawelberga i S. Rotwanda, a następnie studiował w Liege (Belgia) na Wydziale Budowy Maszyn Instytutu Politechnicznego. W latach 1912-1913 odbył w Smoleńsku służbę wojskową w armii rosyjskiej i ukończył oficerską szkołę artylerii.

Od 1905 r. rozpoczął działalność niepodległościową, biorąc udział w strajku szkolnym. W okresie studiów w kraju i w Belgii działał w Związku Walki Czynnej i Związku Strzeleckim (ZS). Po wyjściu z wojska przebywał w Krakowie, gdzie ukończył szkołę podoficerską oraz kurs oficerski ZS w krakowskich Oleandrach.

Od sierpnia 1914 r. do lipca 1917 r. służył w I Brygadzie Legionów, kolejno w 1. Kompanii Kadrowej, w 1. p. artylerii polowej, następnie w 1. p. piech. Leg. na stanowisku dowódcy batalionu. Brał udział w walkach I Brygady na Lubelszczyźnie. W 1916 r. awansowany na podporucznika. Po kryzysie przysięgowym (lipiec 1917 r.) internowany w forcie w Beniaminowie k. Zegrza.

Od listopada 1918 r. w WP (awansowany na porucznika); brał udział w walkach o Lwów i w wojnie polsko-sowieckiej 1919-1920. Awansowany na kapitana w 1919 r., a w 1920 na majora.

W okresie pokojowym studiował w Centrum Wyszkolenia Piechoty w Rembertowie i Wyższej Szkole Wojennej w Warszawie. Pełnił szereg odpowiedzialnych funkcji sztabowych. W 1922 r. awansowany na podpułkownika. W 1928 r. uzyskał stopień pułkownika dyplomowanego i powrócił do służby liniowej (w Wilnie i Modlinie). 19 marca awansowany na stopień gen. brygady.

W kampanii wrześniowej dowodził 1. DP Leg. z Wilna, a praktycznie od 3 września także Grupą Operacyjną (GO) "Wyszków", od 6 września zwaną GO gen. Kowalskiego. Będąc dowódcą GO zachował gen. Kowalski jednocześnie dowództwo 1. DP Leg.

Oddziały GO walczyły nad Narwią w okolicach Różana i Pułtuska, a także nad Bugiem w rejonie Wyszkowa, później pod Kałuszynem, gdzie 1. DP Leg. udało się po ciężkich walkach wyrwać w nocy z 11 na 12 września z niemieckiego okrążenia.

Dalsza droga przemarszu dywizji - w ciągłej styczności bojowej z Niemcami - wiodła przez Lubelszczyznę, początkowo do lasów na zachód od Radzynia. Po odpoczynku ocalałe oddziały 1. DP Leg. kontynuowały marsz w kierunku Włodawy. Po dołączeniu grupy płka Tatara i zreorganizowaniu 1. DP w dniach 18-19 września w Kolonii Ruda k. Chełma, w nocy z 19 na 20 września i w czasie dnia oddziały przemieszczały się w kierunku Komarów - Tomaszów Lubelski. W okolicy Grabowca straż przednia dywizji stoczyła 21 września ciężką walkę z niemieckim oddziałem pancernym, zakończoną sukcesem; nieprzyjaciel został odrzucony. 22 września dywizja gen. Kowalskiego ruszyła z Wożuczyna w trzech kolumnach z zadaniem opanowania rejonu Tarnawatka - Antoniówka. Natarcie utknęło w nocy z 22 na 23 września w zachodniej części Antoniówki. 23 września ok. godz. 14 Niemcy przeszli do ataku na rejon dworu w Tarnawatce, gdzie przebywał m.in. kontuzjowany dowódca dywizji.

Gen. Kowalski, wraz z kilkoma oficerami, dostał się do niewoli, a dywizja została rozbita. Tak zakończył się - udziałem w tzw. pierwszej bitwie tomaszowskiej - wrześniowy szlak bojowy 1. Dywizji Piechoty Legionów i jej dowódcy.

Gen. Kowalski - po półrocznym pobycie w szpitalu - przebywał do 30 kwietnia 1945 r. w obozie jenieckim VIIA w Murnau. Po uwolnieniu przez armię amerykańską wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie. Po demobilizacji w maju 1946 r. przebywał początkowo w Londynie, a następnie wyemigrował do Stanów Zjednoczonych, gdzie osiedlił się w Nowym Jorku i czynnie działał w środowisku kombatanckim. Był m.in. prezesem Rady Stowarzyszenia Polskich Kombatantów, dyrektorem Instytutu im. J. Piłsudskiego w Nowym Jorku, prezesem Polskiej Bratniej Pomocy, członkiem Stowarzyszenia Weteranów Armii Polskiej.



Zmarł nagle 29 listopada 1984 r. w River Forest. Zgodnie z wolą zmarłego urna z jego prochami spoczęła 6 września 1986 r. na cmentarzu wojskowym w Kałuszynie, wśród poległych tam żołnierzy 1. DP Leg., którymi sprawnie dowodził we wrześniu 1939 r.

Był odznaczony m.in. Krzyżem Złotym i Srebrnym Orderu Virtuti Militari. Krzyżem Niepodległości, Krzyżem Oficerskim i Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, czterokrotnie Krzyżem Walecznych i Złotym Krzyżem Zasługi.